Ein mysteriöser Meteorit ist auf die Erde rast. Während seinem Eintritt in die Atmosphäre, ist es fast Wunden Rayquaza , ein Himmel Vormund wohnhaft in der Ozonschicht. Der Meteorit stürzt in eine polare Zone und enthüllt zwei eiförmige Objekte. Die lila Ei regeneriert in einem Deoxys und nimmt das grüne Ei. Rayquaza stammt von der Ozonschicht um den Eindringling zu bekämpfen. Ein Kampf erfolgt, zerstören einen nahe gelegenen Forschungsstandort und traumatisierend einen kleinen Jungen, von einem Ansturm von Angst Spheal , Sealeo und Walrein . Die violette Deoxys Fallen Rayquaza und ist im Begriff, sie zu schlagen, aber es wird durch Strom aus gebrochenen Computer abgelenkt, so dass Rayquaza eine Chance, die lila Deoxys mit seinen Hyperstrahl auszulöschen. Deoxys geht zurück auf Eiform und fällt ins Meer, während einige Forscher das grüne Ei nehmen mit ihnen. Unter dem Meer, regeneriert die verletzten Deoxys und wartet. Das grüne Ei erscheint irgendwo in Hoenn. Vier Jahre später, Ash, May, Brock, und Max reisen nach LaRousse Stadt der Battle Tower. Dort treffen sie auf Tori (Tou'i), ein Junge, der Angst vor Pokémon da ist psychische Traumata , die aus dem Ansturm von der Schlacht zwischen Deoxys und Rayquaza verursacht folgte hatte. Tori gefunden wird, ein Einzelgänger zu sein. Deoxys, die vollständig geheilt ist, verlässt die andere grüne Ei, das Tori Eltern in einem Labor testen zu finden.

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